A produção de A Marca da Maldade foi recheada de contratempos, que resultaram na demissão de Orson Welles e na reedição do filme de forma que ele ficasse diferente do que Welles havia planejado.
Inicialmente, Orson Welles havia sido contratado apenas para trabalhar como ator em A Marca da Maldade. Entretanto, devido a um engano o ator Charlton Heston entendeu que Welles iria atuar e dirigir o filme. Para agradar a Heston, o produtor Albert Zugsmith resolveu então convidar Welles a também dirigir o filme.
Após assumir a direção de A Marca da Maldade, Orson Welles ou a fazer profundas alterações no roteiro já pronto para o filme.
Quando Orson Welles soube que A Marca da Maldade seria reeditado por ordem de seu produtor, ele escreveu uma carta a ele explicando como queria que o filme fosse editado. Durante anos se pensou que esta carta estivesse perdida, mas na verdade ela esteve com Charlton Heston, um dos atores principais do filme.
Orson Welles foi demitido durante a pós-produção de A Marca da Maldade e o filme foi realmente reeditado de forma diferente à qual havia solicitado. Antes de sua morte, Welles deixou por escrito instruções sobre como gostaria que o filme fosse editado. Estas instruções foram seguidas em 1998, quando a Universal lançou uma nova versão de A Marca da Maldade, desta vez seguindo as regras estipuladas por Welles;
A versão com a edição estipulada por Orson Welles possui 16 minutos a mais do que a versão que foi lançada nos cinemas em 1958;
A atriz Janet Leigh quebrou seu braço esquerdo pouco antes do início das filmagens de A Marca da Maldade, mas pôde participar normalmente das filmagens.