Preocupado com o futuro do mundo, Pequenos Invasores acompanha Norman, um simples adolescente de 16 anos extremamente preocupado com o meio ambiente e galáxias diferentes da dele. Em um certo dia, seu chá gelado é invadido por três alienígenas pacificadores, fazendo a sua mente virar uma grande confusão, mas o capacitando para destruir Zolthard, um vilão intergalático que possui o objetivo de acabar com o planeta Zirilia. Norman começa a perceber o perigo que a Terra corre também, desse modo aumenta o seu desespero e tensão. Com o poder da amizade, ele precisa correr para salvar seus amigos e, consequentemente, toda a humanidade.