Baseada nos contos de Ken Liu, Pantheon explora os limites da tecnologia e da consciência humana. A trama acompanha Maddie Kim, uma adolescente que ainda lida com a morte de seu pai, David. Sua vida muda quando começa a receber mensagens de um número desconhecido que afirma ser seu falecido pai. Logo, ela descobre que a antiga empresa que seu pai trabalhava, Logorhythms, uma empresa de tecnologia realiza experimentos antiéticos para alcançar a imortalidade digital. Paralelamente, Caspian Keyes, um jovem prodígio criado sob vigilância constante, descobre que sua vida faz parte de um plano maior da Logorhythms. Conforme Maddie e Caspian se unem para desvendar a verdade, a conspiração se torna ainda maior. Em outro continente, Vinod Chanda, engenheiro da Alliance Telecom, é vítima dos mesmos experimentos. À medida que essas histórias se entrelaçam, uma guerra cibernética global se aproxima, colocando a humanidade à beira de um novo e desconhecido destino.